Note de l’éditeur: Cet article, partie 1 sur 2, résume les présentations orales et par affiches du événement de trois jours réunion du programme commun européen One Health.
Un projet européen contribuant à promouvoir le progrès scientifique sur les zoonoses d’origine alimentaire a tenu sa réunion annuelle pratiquement à cause de l’épidémie de coronavirus.
La deuxième réunion scientifique annuelle du programme commun européen One Health (OHEJP) sur les zoonoses d’origine alimentaire, la résistance aux antimicrobiens et les menaces émergentes était prévue à Prague en République tchèque, la semaine dernière, mais la pandémie de COVID-19 signifiait le face à face. la partie du visage a été annulée.
Les 178 résumés soumis ayant déjà été évalués par le comité scientifique et le programme étant déjà rédigé, les organisateurs ont décidé d’accueillir l’événement en ligne avec des présentations orales et par affiches.
Plus de 750 participants se sont inscrits à la réunion qui a eu Stef Bronzwaer, coordinateur de la recherche de l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), en tant qu’orateur principal.
L’OHEJP a débuté en 2018 et se déroule fin 2022. Il est coordonné par l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments, de l’environnement et du travail (Anses) et implique 40 partenaires de 19 pays. D’un coût de 90 millions d’euros (100 millions de dollars), 50% sont financés par la Commission européenne.
Présentations orales
Maaike van den Beld, de l’Institut national de la santé publique et de l’environnement (RIVM), a parlé de l’amélioration de la sécurité sanitaire des aliments grâce au séquençage du génome entier (WGS) et au partage des données.
Aux Pays-Bas, les données WGS de la surveillance en laboratoire nationale d’E. Coli productrice de toxines Listeria et Shiga (STEC) par RIVM sont partagées dans une base de données avec les données WGS issues de la surveillance des aliments collectées par Wageningen Food Safety Research selon le produit néerlandais des produits alimentaires et de consommation Demandes de l’autorité de sécurité (NVWA).
Dans cette base de données, 1 578 isolats de Listeria étaient présents, soit 217 grappes, dont 33 d’origine mixte. Au total, 95 grappes s’étalaient sur plus de deux ans. Pour le sérotype STEC O157, 190 des 205 isolats étaient d’origine humaine. Pour le sérotype O26, 102 des 112 isolats étaient d’origine humaine. Les autres types de STEC O comprennent près de 1 000 isolats, dont 59 pour cent sont humains.
Il existe des défis liés à l’espèce pour appliquer le WGS et le partage de données dans la surveillance nationale et le traçage des sources. Pour Listeria, le confinement du temps pour la détection des grappes et les stratégies d’intervention est compliqué. Pour le STEC, il y a un chevauchement minimal entre les isolats humains et alimentaires. Cependant, la surveillance WGS et le partage de données en temps réel ont permis un traçage rapide des sources et une évaluation des flambées et ont conduit à des mesures d’application mieux ciblées.
Claudia E. Coipan, de RIVM, a utilisé l’exemple d’une épidémie internationale de Salmonella Enteritidis provenant d’oeufs polonais pour voir si l’harmonisation des flux de travail de typage moléculaire était nécessaire.
Les chercheurs ont comparé les résultats de six flux de travail de typage différents utilisés par les autorités européennes de santé publique en termes de détection de grappes et de concordance. Ils ont analysé 180 isolats de cas confirmés et probables, représentatifs de la variation génétique de l’épidémie, et 22 isolats de Salmonella Enteritidis non apparentés. L’analyse indique que les différents workflows ont généré des clusters avec des compositions similaires.
Thomas Brauge, de l’Anses, a évoqué l’impact de deux désinfectants sur les cellules de Listeria monocytogenes en biofilm sur l’acier inoxydable.
Le traitement au peroxyde d’hydrogène ou à l’ammonium quaternaire n’a pas éliminé les cellules de Listeria sur les surfaces mais a changé l’état de viabilité cellulaire avec l’émergence d’une majorité de cellules viables mais non cultivables (VBNC). Ces cellules VBNC ont été transférées aux tranches de hareng et retournées à l’état cultivable viables sur des milieux d’agar pendant la durée de conservation commerciale du hareng.
Julio Alvarez, de VISAVET, Université Complutense de Madrid, a expliqué comment les isolats humains de Salmonella sont systématiquement séquencés dans le génome entier au Minnesota pour aider à enquêter sur les flambées, ce qui augmente la capacité de relier les cas liés mais conduit à un retard dans l’identification des sérotypes des isolats cliniques, et rend l’établissement d’un relation entre les cas au cours de la première semaine après avoir signalé un problème
Les chercheurs ont examiné des modèles temporels pour détecter les épidémies de Salmonella en l’absence d’informations sur les sérotypes. Les informations sur les patients signalés au ministère de la Santé du Minnesota de 2005 à 2018 ont été utilisées. Les meilleurs modèles candidats ont pu identifier plus de 75% des éclosions connues dans la semaine suivant la notification des premiers cas. Les algorithmes développés ont pu identifier les flambées connues sur une période de quatre ans et ils ont également révélé des flambées potentiellement non résolues.
María Ugarte-Ruiz, de la même université, a couvert la détection et la caractérisation antimicrobienne de Salmonella dans les œufs des commerces de détail de Madrid.
L’isolement de Salmonella a été effectué à partir d’œufs produits en Espagne de 2003 à 2019 dans le cadre d’un programme de surveillance. Au cours de cette période de 19 ans, plus de 200 isolats ont été récupérés, appartenant principalement aux sérotypes Enteritidis, Infantis, Rissen, Anatum et Typhimurium. Dans l’ensemble, les niveaux de résistance aux antimicrobiens étaient inférieurs à 10%, à l’exception de la ciprofloxacine, de l’acide nalidixique, de la tétracycline et de l’ampicilline, bien que les quantités varient également en fonction du sérotype.
Idesbald Boone, de l’Institut Robert Koch en Allemagne, a découvert que des aliments considérés comme présentant un risque élevé de provoquer des épidémies d’origine alimentaire associées aux soins de santé étaient servis aux patients.
L’enquête, parmi 33 établissements de santé italiens et allemands, a exploré la disponibilité des données, l’accessibilité et l’utilité des données alimentaires des patients dans les hôpitaux et les résidents des maisons de soins infirmiers. Une variabilité a été observée dans la durée de stockage des données des menus alimentaires et de leurs formats, du papier aux bases de données électroniques consultables. En Italie, l’externalisation de la restauration a été associée à une prise de conscience non optimale de la disponibilité des données de traçabilité alimentaire.
Présentations par affiches
Gerald Umhang, de l’Anses, disposait d’une affiche présentant le projet MEME qui a démarré en janvier 2020 et regroupe 20 partenaires de 15 pays européens. L’objectif est de combler les lacunes de la recherche sur la détection et le contrôle de l’échinococcose kystique (EC) et alvéolaire (AE). Produire des données épidémiologiques sur la présence d’Echinococcus multilocularis et d’Echinococcus granulosus s.l. les œufs de la chaîne alimentaire se concentreront sur les légumes destinés à la consommation humaine.
Dans le cadre du projet, il est prévu que des questionnaires ciblés soient développés pour un échantillon de patients atteints d’EC dans certains hôpitaux et des témoins appariés, afin de faire progresser les connaissances sur les facteurs de risque liés aux aliments pour l’infection humaine.
Une affiche de Karin Troell, de l’Institut national vétérinaire suédois, a décrit le consortium PARADISE. Ce projet, de 2020 à 2022, contribuera à développer des méthodes de lutte contre les parasites d’origine alimentaire dans la chaîne alimentaire de l’UE, car les enquêtes sur les flambées et l’attribution des sources restent difficiles.
Eleonora Ventola, d’Istituto Superiore di Sanità, en Italie, avait une affiche sur Yersinia enterocolitica dans les aliments. La yersiniose est la quatrième zoonose d’origine alimentaire la plus courante dans l’UE, selon le rapport sur les zoonoses de 2018.
En 2019, une enquête en Italie a estimé la contamination par Yersinia enterocolitica pathogène dans différents aliments, échantillonnés à différents stades de la chaîne de production. Au total, 437 échantillons, dont du porc, du bœuf, du sanglier et de la viande de poulet, du lait cru, des crustacés et des légumes frais, ont été analysés.
La recherche a révélé que les produits à base de porc étaient la catégorie la plus fréquemment contaminée par Yersinia enterocolitica. La présence de Yersinia a été évaluée à l’aide d’une PCR en temps réel ciblée sur le gène ail qui est considéré comme le marqueur de Yersinia enterocolitica pathogène. La présence de ce gène a été détectée dans 11 échantillons, tous provenant de viande de porc, de bœuf et de sanglier.
Une étude menée par Jacek Sroka, de PIWET, estimation de la prévalence de l’infection à Toxoplasma gondii chez les porcs et les bovins abattus pour la consommation humaine en Pologne. Des sérums de 3 111 porcs et 2 411 bovins de 16 régions ont été contrôlés. Des échantillons du diaphragme et du cœur d’animaux séropositifs ont été examinés pour l’ADN de Toxoplasma gondii.
Des résultats séropositifs ont été trouvés chez 11,9% des porcs et 13% des bovins. L’analyse des données a montré que la séropositivité augmentait avec l’âge des bovins et les résultats séropositifs étaient plus fréquents chez les animaux des petites exploitations. La présence d’anticorps Toxoplasma gondii chez les porcs et les bovins et la détection d’ADN parasitaire dans les tissus peuvent indiquer une menace potentielle pour la santé des consommateurs.
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